東南大學計算機科學與工程學院起源于1960年建立的“解算裝置及技術(shù)”專業(yè)，曾自主研制我國第一臺數(shù)字積分機，填補了國內(nèi)空白，并成功地應用于國防現(xiàn)代化和工業(yè)自動化領(lǐng)域，取得了開創(chuàng)性成果。1960年開始招收本科生，1979年開始招收碩士研究生，1990年開始招收博士研究生。1981年建立計算機科學與工程系，2006年建立計算機科學與工程學院。

   目前，學院下設(shè)計算機科學系、計算機工程系和影像科學與技術(shù)系，擁有“計算機科學與技術(shù)”、“軟件工程”兩個一級學科博士點，設(shè)有“計算機科學與技術(shù)”、“軟件工程”一級學科博士后流動站。二級學科“計算機應用技術(shù)”1994年被評為江蘇省重點學科，1999年設(shè)立教育部長江特聘教授崗，2002年、2007年連續(xù)被評選為國家重點學科?！坝嬎銠C軟件與理論”2006年成為江蘇省重點學科。

   學院現(xiàn)有專任教師93人，擁有一支結(jié)構(gòu)合理、充滿朝氣、以中青年教師為主的高水平師資隊伍。其中，中國工程院院士1人，國家特聘教授3人，青年特聘教授1人，教育部跨世紀、新世紀人才8人，國家優(yōu)秀青年基金獲得者2人，江蘇省“雙創(chuàng)計劃”人才1人，江蘇省杰出青年基金獲得者2人，江蘇省“333”工程培養(yǎng)對象5人，教育部青年骨干教師2人，教育部“長江學者和創(chuàng)新團隊發(fā)展計劃” 創(chuàng)新團隊1個，江蘇省高?！扒嗨{工程”科技創(chuàng)新團隊1個，博士生導師32人，教授26人，副教授41人。

   學院建有計算機網(wǎng)絡和信息集成教育部重點實驗室、江蘇省計算機網(wǎng)絡技術(shù)重點實驗室、江蘇省網(wǎng)絡與信息安全重點實驗室、中法生物醫(yī)學信息研究中心，以及國家863/CIMS“網(wǎng)絡與數(shù)據(jù)庫”工程實驗室、中國教育科研網(wǎng)華東（北）地區(qū)網(wǎng)絡中心等一批科研實驗基地，還建有東南大學CIMS技術(shù)中心、影像科學與技術(shù)實驗室、電子商務研究與開發(fā)中心、未來網(wǎng)絡研究中心等交叉學科研究機構(gòu)。

   學院始終以培養(yǎng)高水平人才為目標，根據(jù)人才培養(yǎng)目標定位和社會人才需求，精心制定本科生和研究生培養(yǎng)計劃，明確專業(yè)人才培養(yǎng)理念是“強化基礎(chǔ)、軟硬結(jié)合、立足系統(tǒng)、面向應用、加強實踐”。計算機科學與技術(shù)專業(yè)成為首批江蘇省品牌專業(yè)，并成為國家特色專業(yè)建設(shè)點，通過了教育部組織的國家工程教育專業(yè)認證?！坝嬎銠C教學實驗中心”成為國家及江蘇省教學實驗示范中心建設(shè)點。近五年來，獲國家教學成果一等獎、江蘇省教學成果一等獎、省優(yōu)秀教學成果二等獎、中國學位與研究生教育學會二等獎、全國高等學校計算機實踐教學一等獎各1項，“數(shù)據(jù)庫原理共享課”獲批國家級精品課程。

   學院注重加強科學研究，提高科技創(chuàng)新能力。近五年來，承擔了各類科研項目400余項，包括863計劃/國家重點研發(fā)計劃項目5項，國家863計劃/國家重點研發(fā)計劃/國家科技重大專項課題14項, 國家自然科學基金重點項目2項，國家自然科學基金優(yōu)青項目2項，江蘇省自然科學基金杰青項目2項、優(yōu)青項目1項。發(fā)表學術(shù)論文900余篇，其中SCI論文保持每年20%以上的增長，CCF A類期刊和會議論文70余篇。科研成果獲國家科技進步二等獎1項、教育部自然科學獎一等獎1項、江蘇省科學技術(shù)二等獎1項、江蘇省科學技術(shù)三等獎2項、其他省部級獎3項；授權(quán)發(fā)明專利185項，牽頭制定國家標準1項。

   經(jīng)過五十多年的建設(shè)，學院形成了以計算機網(wǎng)絡技術(shù)為特色，整個學科協(xié)調(diào)發(fā)展、快速發(fā)展的局面。近年來在國家985、“雙一流”、江蘇省優(yōu)勢學科等建設(shè)經(jīng)費的支持下，學院大力推進平臺資源建設(shè)、創(chuàng)新團隊建設(shè)和教學科研水平提升，在學科建設(shè)方面取得了顯著成效。2017年底“計算機科學”ESI學科排名首次進入世界前1‰，計算機科學與技術(shù)一級學科2017年成功入選“雙一流”國家重點建設(shè)學科，軟件工程一級學科2018年進入江蘇省優(yōu)勢學科立項建設(shè)范圍。