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“千魚千尋”!廈大團(tuán)隊用芯片選出“最優(yōu)秀”的大黃魚

時間:2022-11-09 15:37:29 來源:廈門大學(xué)

高考早知道

“千魚千尋”!廈大團(tuán)隊用芯片選出“最優(yōu)秀”的大黃魚


科學(xué)家和大黃魚

能碰撞出怎樣的火花?

“給大黃魚‘出題’、

用芯片檢測大黃魚的基因”

在廈大

有一群科研工作者

這樣展開他們的“千魚千尋”

 

多年來

為解決一直困擾大黃魚養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)

的“白點病”問題

海洋與地球?qū)W院的徐鵬教授團(tuán)隊

把基因大數(shù)據(jù)技術(shù)用在了魚的身上

只為找到那尾

“最優(yōu)秀”的抗病大黃魚


“千魚千尋”!廈大團(tuán)隊用芯片選出“最優(yōu)秀”的大黃魚

大黃魚與“內(nèi)臟白點病”

“一次處理不好,大黃魚就可能全軍覆沒。”大黃魚養(yǎng)殖戶陳時紅說。


每年秋末、春初,是大黃魚群“白點病”的多發(fā)時期,也是養(yǎng)殖戶們最頭疼的時候。


一個大黃魚群感染后,死亡率少則30%,多則高達(dá)90%。而對養(yǎng)殖戶來說,一旦發(fā)病,就意味著幾個月的養(yǎng)殖工作全部白費。


2016年,徐鵬回到母校廈門大學(xué)任教,確立了以海水養(yǎng)殖魚類良種選育為應(yīng)用研究方向。大黃魚的“白點病”,正是他所面臨的難題之一。

 

“產(chǎn)業(yè)既然提出了問題,就需要我們科研工作者做出回答?!毙禊i說。


“千魚千尋”!廈大團(tuán)隊用芯片選出“最優(yōu)秀”的大黃魚

▲感染白點病的大黃魚

大黃魚的“白點病”,是由海水中的刺激隱核蟲引起的寄生蟲疾病。由于海水養(yǎng)殖環(huán)境具有開放性特征,很難杜絕刺激隱核蟲對養(yǎng)殖魚類的感染。

同時,為了飼養(yǎng)方便,大黃魚大都養(yǎng)殖在封閉、換水條件不好的內(nèi)灣?!凹由先斯ゐB(yǎng)殖密度較高,很容易產(chǎn)生病害問題。”徐鵬說。

怎么辦?

給大黃魚喂藥?不太好??股爻赃M(jìn)魚肚子里,一不小心就會出現(xiàn)藥殘超標(biāo)問題。這魚一旦進(jìn)了人的肚子,則對人體健康不利。


在感染的魚群中,挑出存活的大黃魚進(jìn)一步繁殖?有風(fēng)險。感染后存活下來的大黃魚并不天然具有抗病性;相反,它還可能成為攜帶者,在接下來的選育中傳染給整個魚群。

徐鵬選擇換一種解決思路:用全基因組選育的方法,先給大黃魚“出題”,再用芯片選出大黃魚里的“優(yōu)等生”。
“千魚千尋”!廈大團(tuán)隊用芯片選出“最優(yōu)秀”的大黃魚

找出大黃魚群里的“優(yōu)等生”

給大黃魚“出題”,也就是對大黃魚進(jìn)行人工感染。這是他們育種工作的第一步。

 

“就像考試。有的考生能考高分,有的卻會掛科?!笨稍诖簏S魚群的里,是否也存在具有不同抗病能力的“學(xué)生”呢?

 

徐鵬團(tuán)隊收集并孵化出了“白點病”的感染源——刺激隱核蟲的幼蟲。這些幼蟲,正是他們給大黃魚出的“考題”。

“千魚千尋”!廈大團(tuán)隊用芯片選出“最優(yōu)秀”的大黃魚

▲徐鵬團(tuán)隊對大黃魚進(jìn)行人工感染

在寧德的大黃魚育種基地,徐鵬團(tuán)隊用這些寄生蟲對健康的大黃魚進(jìn)行人工感染。人工感染后的結(jié)果顯示,在大黃魚養(yǎng)殖群體的內(nèi)部,確實存在對刺激隱核蟲感染抗性的個體差異和多態(tài)性。


也就是說,確實存在“成績好”的大黃魚,它們沒有被感染或者感染程度較低;而那些被嚴(yán)重感染的大黃魚,則在此次考試中“掛了科”。這些“成績好”的大黃魚,正是徐鵬及其團(tuán)隊所要尋找的“優(yōu)等生”。


可是,又該如何在不感染魚群的情況下,直接找出大黃魚里的“優(yōu)等生”呢?


從2016年開始,徐鵬教授團(tuán)隊與寧德富發(fā)水產(chǎn)有限公司開展產(chǎn)學(xué)合作,依托大黃魚育種國家重點實驗室平臺,聯(lián)合開發(fā)了“寧芯”系列育種芯片。

“千魚千尋”!廈大團(tuán)隊用芯片選出“最優(yōu)秀”的大黃魚


▲“寧芯”系列芯片

由二氧化硅制作而成的小小的芯片上,分布著幾十萬個DNA探針。將從魚鰭中提取的DNA放在芯片上檢測,就能快速準(zhǔn)確地獲取大黃魚幾十萬個基因位點的信息。“這些基因位點,就是抗性大黃魚的‘遺傳密碼’?!?/section>

芯片的開發(fā),能夠幫助團(tuán)隊進(jìn)行大黃魚海量基因型的準(zhǔn)確鑒定,進(jìn)而在超級計算機(jī)上對隱藏在大黃魚DNA中的“遺傳密碼”與它們的“考試成績”建立關(guān)聯(lián)——這大大提高了大黃魚抗“白點病”新品系選育工作的準(zhǔn)確性和效率。

借助于超級計算機(jī)和育種算法,大黃魚“優(yōu)等生”的秘密終于被揭曉。


“產(chǎn)業(yè)有需求,科學(xué)家有響應(yīng)!”

2018年12月7日,徐鵬課題組和大黃魚育種國家重點實驗室的工作人員一起,進(jìn)行抗“白點病”大黃魚選育系的表型測量和篩選工作。


根據(jù)事先獲得的“遺傳密碼”,他們將在此次工作中,直接篩選出具有抗“白點病”能力的大黃魚親魚,繁殖抗病后代。

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▲徐鵬團(tuán)隊在進(jìn)行大黃魚選育測量工作

八個月后,他們驗證了利用基因組選擇育種獲得的選育后代的抗蟲性能。與感染“白點病”而奄奄一息的對照系大黃魚相比,他們利用基因組信息選育的抗病大黃魚后代依舊充滿活力。

 

從抗蟲性狀測評中可看出,抗蟲選育系的后代存活率顯著提升35.57%。

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▲抗蟲性狀測評現(xiàn)場

這也意味著,此前通過全基因組選育技術(shù)篩選抗病大黃魚的努力,收獲了階段性成功,大黃魚抗“白點病”新品系“寧抗1號”誕生!


“產(chǎn)業(yè)有需求,科學(xué)家有響應(yīng)?!边@句徐鵬常掛在嘴邊的話,督促著他和他的團(tuán)隊不斷前行。


6年來,在徐鵬團(tuán)隊的共同努力下,“寧芯”系列芯片已研發(fā)出第三代液體芯片,在降低芯片制作成本的同時大大提高了基因檢測的效率,并推廣至全國9家大黃魚育種單位應(yīng)用。


“千魚千尋”!廈大團(tuán)隊用芯片選出“最優(yōu)秀”的大黃魚

▲大黃魚液相芯片“寧芯3號”


同時,第三代“寧抗1號”大黃魚在養(yǎng)殖戶開放海區(qū)的養(yǎng)殖效果也十分喜人。相比未經(jīng)選育的普通大黃魚而言,新品系的成活率相對提升了85%。

“千魚千尋”!廈大團(tuán)隊用芯片選出“最優(yōu)秀”的大黃魚

▲徐鵬團(tuán)隊同養(yǎng)殖戶了解“寧抗1號”大黃魚養(yǎng)殖情況

徐鵬團(tuán)隊探索的腳步并未停下。通過人工智能反映大黃魚的抗性、借“跑步機(jī)”選育“運動健將”級別的大黃魚、用植物蛋白讓大黃魚“改吃素”……這些研究,都切實回應(yīng)了現(xiàn)實需求,力圖解決大黃魚養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)遇到的實際問題。

 

“明年全部養(yǎng)你們的苗!”面對徐鵬團(tuán)隊的成員,養(yǎng)殖戶俞大姐說。對徐鵬來說,與各行各業(yè)的科研工作者一起努力,保障產(chǎn)業(yè)的健康可持續(xù)發(fā)展,是他一直堅持的事。

“千魚千尋”!廈大團(tuán)隊用芯片選出“最優(yōu)秀”的大黃魚

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文:盧楊靜

圖:顧勝堂、受訪者提供

錄音整理:熊梓琪、林菀婧

責(zé)編:張火火、曾浣浣
廈門大學(xué)黨委宣傳部出品

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