2000年，經(jīng)中華人民共和國教育部批準，由原中南工業(yè)大學(xué)、湖南醫(yī)科大學(xué)、長沙鐵道學(xué)院合并組建部屬中南大學(xué)。學(xué)校組建后，根據(jù)學(xué)科門類的特點，按照資源共享、調(diào)整合并的原則，2002年4月，中南大學(xué)將原湖南醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)系、基礎(chǔ)與臨床藥理研究所以及湘雅附屬第一、第二、第三臨床學(xué)院的藥劑學(xué)學(xué)科聯(lián)合組建中南大學(xué)藥學(xué)院。2016年11月，更名為中南大學(xué)湘雅藥學(xué)院。

湘雅醫(yī)院藥劑學(xué)學(xué)科最早創(chuàng)立于1907年，湘雅第二、第三臨床學(xué)院藥劑學(xué)學(xué)科相繼創(chuàng)立于1958年和1992年；基礎(chǔ)與臨床藥理研究所是在1945年創(chuàng)立的國立湘雅醫(yī)學(xué)院藥理學(xué)科的基礎(chǔ)上逐步建立起來的，1954年即取得碩士生培養(yǎng)資格，1981年獲得博士學(xué)位授予權(quán)；湖南醫(yī)科大學(xué)1985年即招收了首屆藥學(xué)本科班學(xué)生，開始探索藥學(xué)高層次人才的培養(yǎng)模式，在此基礎(chǔ)上，1996年組建湖南醫(yī)科大學(xué)藥學(xué)系，并于1997年開始面向全國招收4年制藥學(xué)本科專業(yè)學(xué)生，2019年開始招收臨床藥學(xué)專業(yè)本科生。

藥學(xué)院成立以后，始終以培養(yǎng)高級藥學(xué)人才、服務(wù)區(qū)域經(jīng)濟和為人民健康事業(yè)服務(wù)為出發(fā)點，開展各項教學(xué)科研活動。經(jīng)過十余年的建設(shè)與發(fā)展，目前形成了藥理學(xué)、藥物化學(xué)、藥劑學(xué)三個學(xué)科方向，取得了比較可喜的成績，得到了同行專家的認可。?2001年藥理學(xué)科成為國家重點學(xué)科，2004年“藥理學(xué)”成為首門國家精品課程；2001-2004年，藥物化學(xué)、藥劑學(xué)、藥物分析學(xué)和生藥學(xué)等學(xué)科相繼獲得碩士學(xué)位授予權(quán)；2003年藥學(xué)被國家人事部批準為博士后科研流動站；2005年藥學(xué)專業(yè)被評為湖南省重點專業(yè)，2009年被評為特色專業(yè)；2010年藥學(xué)一級學(xué)科成為湖南省“十二五”重點學(xué)科，并取得藥學(xué)一級學(xué)科博士、碩士學(xué)位授予權(quán)，2011年獲生物與醫(yī)藥領(lǐng)域工程博士點授權(quán)。2018年，藥學(xué)學(xué)科入選湖南省國內(nèi)一流建設(shè)學(xué)科。2011年藥理學(xué)與毒物學(xué)學(xué)科首次進入ESI世界前1%，2017年排名升至0.352%，現(xiàn)第222位。在2011年中國大學(xué)本科教育分專業(yè)競爭力排行榜中，藥學(xué)學(xué)科排名進入了第5位。2016年，藥理學(xué)與毒理學(xué)入圍美國新聞與世界報道《US News世界大學(xué)學(xué)科排名》，排名159位。2017年，藥學(xué)與藥理學(xué)首次入圍英國QS全球教育集團發(fā)布的最新《QS世界大學(xué)學(xué)科排名》（第七版），排名150-200位。2018年藥學(xué)學(xué)科入選湖南省“國內(nèi)一流”建設(shè)學(xué)科。2019年12月，中南大學(xué)藥學(xué)學(xué)科進入國家級一流本科專業(yè)建設(shè)點名單（高教廳函【2019】46號）。

湘雅藥學(xué)院現(xiàn)有在職教職工62人。其中專任教師39人；專任教師中有教授18人、副教授11人；有教育部新世紀人才2人;湖南省杰出青年人才1人、“湖南省普通高校學(xué)科帶頭人”培養(yǎng)對象3人，“湖湘人才支持計劃”4人；湖南省青年骨干教師1人、湖湘高層次人才聚集工程2人。

藥學(xué)院堅持以“創(chuàng)辦藥學(xué)精品專業(yè)”為理念。除1997、1998年招收本科學(xué)生30人外，此后每年招收藥學(xué)專業(yè)本科學(xué)生保持60人左右，2012年擴大到90人；2019年開始招收臨床藥學(xué)專業(yè)本科生。研究生招生規(guī)模逐年穩(wěn)步增長，2009年起，每年招收研究生在80人左右。學(xué)院現(xiàn)有各類全日制在讀學(xué)生694人，其中本科學(xué)生419人、碩士研究生197人、博士研究生78人；在站博士后8人（包括企業(yè)博士后4人）。培養(yǎng)的研究生中，獲得全國優(yōu)秀博士學(xué)位論文獎2人，全國優(yōu)秀博士學(xué)位論文提名獎5人，湖南省優(yōu)秀博士學(xué)位論文獎10人，湖南省優(yōu)秀碩士學(xué)位論文獎30余人。本科生讀研升學(xué)率在40%-50%左右，每年有1-2人直接考入國外名校攻讀研究生學(xué)位。2002年以來，我院學(xué)生獲得國家級創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)課題近60項，獲得中南大學(xué)創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)課題100余項。編撰包括國家規(guī)劃教材、研究生、本科生教材以及學(xué)術(shù)專著和科研教學(xué)參考書87部。經(jīng)過十余年的建設(shè)和發(fā)展，學(xué)院已經(jīng)形成了具有全日制本科教育、研究生教育、博士后培養(yǎng)、工程碩士培養(yǎng)、工程博士培養(yǎng)、成人教育等較為完整的教學(xué)體系。

掛靠學(xué)院的科研機構(gòu)有中南大學(xué)藥物研究所、心血管研究湖南省重點實驗室；學(xué)院建立了藥物分子設(shè)計與研究中心；與有關(guān)單位協(xié)建了中南大學(xué)分子影像研究中心、湖南省藥物制劑與早期臨床評價技術(shù)研究中心；與企業(yè)聯(lián)合建有湖南省手性藥物研究工程中心，與企業(yè)聯(lián)合組成湖南省藥用輔料工程技術(shù)研究中心、湖南省中藥提取物工程中心、廣州威爾曼聯(lián)合實驗室、湖南達嘉維康聯(lián)合實驗室和浙江海正聯(lián)合實驗室等；初步搭建起了天然藥物研發(fā)平臺、分子設(shè)計與藥物發(fā)現(xiàn)平臺、藥物合成研究平臺、分子探針研究平臺、應(yīng)用藥理學(xué)研究平臺、藥物動力學(xué)研究平臺和藥物新制劑研究平臺等；與湖南漢森醫(yī)藥有限公司聯(lián)合建有湖南省產(chǎn)學(xué)研示范基地。2020年，學(xué)院在賈嶺藥博園建立大學(xué)生實踐實訓(xùn)基地，與長沙都正生物科技有限責任公司聯(lián)合申報并獲批湖南省校企合作創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)基地。已經(jīng)形成了藥物化學(xué)、藥劑學(xué)、藥理學(xué)、天然藥物學(xué)、藥物分析學(xué)及臨床藥學(xué)等多個學(xué)科方向，涵蓋從藥物研發(fā)到使用的各個環(huán)節(jié)，并相互支持形成了強大的學(xué)科群優(yōu)勢。與企業(yè)合作完成了共計200余個品種的新藥研制報批工作；多個有開發(fā)前景的I類或其他類新藥正在研發(fā)之中。

2010年以來，先后獲得包括973、863、十二五攻關(guān)、重大新藥創(chuàng)制、國家自然科學(xué)基金（重大研究計劃、優(yōu)秀青年基金等項目）、教育部新世紀人才支持計劃等各類國家、省部級基金61項；入校各類科研經(jīng)費超億元；申請或授權(quán)各類型專利共計130項；發(fā)表SCI、EI等論文520余篇（第一單位、第一作者/通訊作者）。2017年6月，我院藥劑學(xué)學(xué)科團隊劉玨文、周文虎教授在國際頂級學(xué)術(shù)期刊《Chemical Reviews》（2016年影響因子47.928）在線發(fā)表了綜述文章“Metal Sensing by DNA”，這是我院科教人員發(fā)表的最高影響因子論文。2018年，藥劑學(xué)丁勁松教授團隊在納米材料表界面研究方向取得了重要進展。該研究以聚多巴胺為納米載體，揭示了DNA與納米材料表界面作用的新機制，并證實了其在生物分析與胞內(nèi)檢測中的應(yīng)用優(yōu)勢。研究成果發(fā)表于國際頂級學(xué)術(shù)期刊《ACS Nano》（IF=13.709）；2020年，胡高云課題組、曹東升課題組、劉珍寶課題組、丁勁松-周文虎課題組相繼在本專業(yè)領(lǐng)域的權(quán)威雜志《Journal of Medicinal Chemistry》（IF=6.054）、《Briefings in Bioinformatics》(IF=9.101）、《Advanced Science》(IF=15.804）、《Materials Horizons》（IF=12.319）和《Biomaterials》（IF=10.317）發(fā)表高水平研究論文或綜述文章。胡高云教授等主持的“抗肝纖維化藥物氟非尼酮”成功轉(zhuǎn)讓海南制藥，并于2018年11月進入I期臨床試驗。2020年，2個專利成果分別以總金額超億元和超3千萬元實現(xiàn)轉(zhuǎn)化。全院教師獲國際學(xué)術(shù)獎1項，教育部提名國家科學(xué)技術(shù)二等獎2項，中國專利獎2項，中華醫(yī)學(xué)科技二等獎、三等獎各1項；獲得湖南省醫(yī)藥科技成果一等獎1項；湖南省自然科學(xué)成果二等獎3項、三等獎1項，江西省自然科學(xué)獎二等獎1項；湖南省技術(shù)發(fā)明獎一等獎1項（排名第三）；湖南省科學(xué)技術(shù)進步三等獎1項（排名2）。

學(xué)院將始終瞄準生物醫(yī)藥的前沿領(lǐng)域，面向國內(nèi)醫(yī)藥工業(yè)的主戰(zhàn)場，進一步加強同國內(nèi)外科研機構(gòu)、醫(yī)藥工業(yè)企業(yè)的交流與合作，堅持科學(xué)研究與社會服務(wù)同步發(fā)展的辦院方針；積極創(chuàng)造條件與國際高等藥學(xué)教育接軌，逐步向六年制藥學(xué)專業(yè)轉(zhuǎn)化；全面開放，走產(chǎn)、學(xué)、研相結(jié)合的專業(yè)建設(shè)道路，努力將中南大學(xué)藥學(xué)院建設(shè)成國內(nèi)領(lǐng)先、國際有較大影響的高層次藥學(xué)專業(yè)人才的培養(yǎng)基地。

學(xué)院現(xiàn)任黨委領(lǐng)導(dǎo)：書記龔濤、副書記王昊；委員：劉昭前、曾文彬、胡長平、李乾斌、程澤能、彭軍。

學(xué)院現(xiàn)任行政領(lǐng)導(dǎo)：副院長劉昭前（主持行政工作）、曾文彬、胡長平、李乾斌。