首都醫(yī)科大學建校之初，學校采取分批建設(shè)，逐步充實的方針，逐批建設(shè)了基礎(chǔ)課各教研室和實驗室。1963年2月，學校制定的《北京第二醫(yī)學院領(lǐng)導體制暫行條例》中明確提出“為了加強基礎(chǔ)各學科的領(lǐng)導，在學院下設(shè)基礎(chǔ)部”。至1966年基礎(chǔ)部建設(shè)完成?！拔母铩逼陂g，基礎(chǔ)部建制被撤消?！拔母铩苯Y(jié)束后，根據(jù)教學需要，于1973年重新建立了醫(yī)學基礎(chǔ)部，1979年更名為基礎(chǔ)部。1994年學校更名為首都醫(yī)科大學后，為適應學科建設(shè)與發(fā)展的需求，形成資源共享、優(yōu)勢互補，將所有的學科進行了重新調(diào)整，并于1996年1月23日成立基礎(chǔ)醫(yī)學院，揭開了我院建設(shè)的新篇章。

基礎(chǔ)醫(yī)學院是校本部規(guī)模最大、學科最全的學院之一，是集教學、科研、學生管理為一體的綜合性學院，擔負著本科生和研究生基礎(chǔ)課程培養(yǎng)的重任。學院設(shè)有神經(jīng)生物學學系、人體解剖學與組織胚胎學學系、細胞生物學學系、生物化學與分子生物學學系、生理學與病理生理學學系、病原生物學學系、免疫學學系、病理學學系、實驗動物學學系、藥理學學系和醫(yī)學遺傳與發(fā)育生物學學系等11個學系，1個基礎(chǔ)醫(yī)學實驗教學中心。學院擁有生物學和基礎(chǔ)醫(yī)學2個一級學科博士點和博士后科研流動站，同時還設(shè)有藥理學博/碩士培養(yǎng)點。首都醫(yī)科大學基礎(chǔ)醫(yī)學院現(xiàn)有教職員工290人，其中教授47名、副教授86名。博士生導師59人（其中兼職導師5人），碩士生導師145人（其中兼職導師5人）。學院現(xiàn)有在讀博士、碩士研究生460人，本科生1900余人。

學院擁有一批由高水平、復合型人才領(lǐng)銜的學科隊伍，其中不乏中國科學院院士、教育部“長江學者獎勵計劃” 特聘教授、“國家杰出青年科學基金”獲得者、“國家優(yōu)秀青年科學基金”獲得者、教育部新世紀優(yōu)秀人才、國家及北京市突出貢獻專家、國家及北京市新世紀百千萬人才工程人選、北京學者、北京市特聘教授等，多名教授享受政府特殊津貼。學院注重后備人才隊伍的培養(yǎng)，為骨干教師量身打造個性化培養(yǎng)方案，對青年教師進行入職培訓。分層建設(shè)、可持續(xù)發(fā)展的人才隊伍為實現(xiàn)基礎(chǔ)醫(yī)學院跨越式發(fā)展奠定了堅實的基礎(chǔ)。

學院采取“整體推進、分段建設(shè)、重點提高、突出特色”的學科建設(shè)方針，針對不同學科加以分類指導和分層建設(shè)，努力打造一個一級學科強大、二級學科齊全的基礎(chǔ)醫(yī)學院。首都醫(yī)科大學基礎(chǔ)醫(yī)學學科現(xiàn)為一級學科博士學位授權(quán)點，北京市重點學科和博士后流動站。2019年5月16日，首都醫(yī)科大學基礎(chǔ)醫(yī)學學科獲評為北京市教育委員會北京高校高精尖建設(shè)學科。學科目前涵蓋11個二級學科，其中3 個學科進入ESI前5‰，2 個學科進入ESI前1%，擁有1個省部共建國家重點實驗室培育基地、2個教育部重點實驗室（心血管重塑疾病、神經(jīng)變性疾?。?、4個北京市重點實驗室和2個北京市協(xié)同創(chuàng)新中心。

基礎(chǔ)醫(yī)學院承擔著基礎(chǔ)醫(yī)學課程以及醫(yī)學相關(guān)生物課程的教學、教改、教材建設(shè)、課程建設(shè)、教學研究等任務(wù)。學院以“抓質(zhì)量、育名師”為教育教學建設(shè)的主要目標，深入開展質(zhì)量工程建設(shè)，努力實現(xiàn)“謀教學質(zhì)量之排頭，創(chuàng)一流大學之基礎(chǔ)”的奮斗目標。學院擁有“神經(jīng)生物學”、“生理學”2門國家級精品課程；“醫(yī)學細胞生物學”1門國家級雙語教學示范課程；“人體寄生蟲學”、“醫(yī)學免疫學”、“人體解剖學”、“細胞生物學”、“生物化學”、“醫(yī)學機能學實驗”6門北京市級精品課程；學院擁有生理學教學團隊、神經(jīng)生物學教學團隊2個國家級優(yōu)秀教學團隊，免疫學教學團隊1個北京市級優(yōu)秀教學團隊；學院基礎(chǔ)醫(yī)學實驗教學中心為國家級實驗教學示范中心；學院擁有徐群淵教授1位國家教學名師，安云慶、安威、諸欣平、劉慧榮、王偉教授5位北京市教學名師；諸欣平教授榮獲北京市人民教師提名獎；劉慧榮教授領(lǐng)銜的生理學與病理生理學教學團隊獲批首批全國高校黃大年式教師團隊?；A(chǔ)醫(yī)學專業(yè)獲批為2019年度北京市一流本科專業(yè)建設(shè)點。2019年9月，基礎(chǔ)醫(yī)學院榮獲 “全國教育系統(tǒng)先進集體獎”榮譽稱號。

學院倡導科研強院之風，堅持學術(shù)興院之路，注重整合多學科資源，走基礎(chǔ)-臨床相結(jié)合的聯(lián)合攻關(guān)之路，發(fā)揮學校的臨床優(yōu)勢，不斷提高申報重大項目（點）的能力，推動科學研究不斷向更高層次邁進?！笆濉捌陂g，基礎(chǔ)醫(yī)學院共獲得省部級及以上項目176項，總資助經(jīng)費11286余萬元。學院獲批國家科技部重點研發(fā)計劃項目1項，承擔科技部重點研發(fā)計劃課題8項。獲批國家自然科學基金107項，經(jīng)費6705萬元（其中杰出青年科學基金1項，重點項目1項，重大研究計劃3項，聯(lián)合基金項目1項）。學院承擔獲批市基金-市教委聯(lián)合資助項目17項，市教委提升計劃1項。學院承擔市教委重點專項1項，市教委科技創(chuàng)新服務(wù)能力建設(shè)人腦保護高精尖創(chuàng)新中心課題骨干5名。承擔北京市科委各類項目9項。獲批北京市自然科學基金52項，經(jīng)費1005萬元。發(fā)表SCI學術(shù)論文528余篇，總影響因子2012，影響因子5分以上111篇，最高影響因子14.71；獲得獲省部級、協(xié)會科技獎項5項，其中中華醫(yī)學科技獎三等獎1項，華夏醫(yī)學科技獎二等獎1項。授權(quán)專利16項，專利成果1項轉(zhuǎn)化中。

學院十分重視國內(nèi)外的交流與合作，先后與美國、英國、法國、德國、日本、奧地利、瑞典、香港等國家和地區(qū)的大學和科研機構(gòu)開展項目合作、人員交流、聯(lián)合舉辦國際會議等；與美國西北大學、英國卡迪夫大學、紐約州立大學布法羅分校、奧地利歐亞太平洋學術(shù)網(wǎng)絡(luò)、瑞典卡羅琳斯卡醫(yī)學院、香港中文大學等建立了交流合作關(guān)系。

歲月如梭，征程漫漫，展望未來，任重道遠?；A(chǔ)醫(yī)學院全體師生正以飽滿的熱情和只爭朝夕的精神為實現(xiàn)“高水平研究型醫(yī)科大學”的基礎(chǔ)醫(yī)學院而努力奮斗?！?/span>