南京農業(yè)大學動物醫(yī)學院的前身為1921年創(chuàng)立的東南大學畜牧獸醫(yī)系，是我國最早成立的畜牧獸醫(yī)系之一。1927年改名為中央大學畜牧獸醫(yī)系， 1952年全國院系調整時組建南京農學院畜牧獸醫(yī)系。1984年，更名南京農業(yè)大學，分設獸醫(yī)系和畜牧系；1994年，經農業(yè)部批準，在南京農業(yè)大學獸醫(yī)系的基礎上成立動物醫(yī)學院。

動物醫(yī)學院學科實力居國內一流，享有較高的國際聲譽。曾為國務院學位委員會獸醫(yī)學科評議組召集人任職單位，現為全國獸醫(yī)專業(yè)學位教育指導委員會秘書處掛靠單位和副主任委員任職單位。1995年設獸醫(yī)學博士后流動站，1998年獲獸醫(yī)學一級學科博士學位和碩士學位授予權，1999年獲獸醫(yī)博士專業(yè)學位和獸醫(yī)碩士專業(yè)學位學位授予權。 擁有農業(yè)部動物細菌學重點實驗室、農業(yè)部動物生理生化重點實驗室、豬鏈球菌OIE參考實驗室、現代化的動物實驗中心等科研平臺。2007年獸醫(yī)學一級學科評為國家重點學科，2010年被評為江蘇省優(yōu)勢學科。

學院設有基礎獸醫(yī)學、預防獸醫(yī)學、臨床獸醫(yī)學?；A獸醫(yī)學系設有動物解剖學、動物組織胚胎學、動物生理學、動物生物化學、獸醫(yī)藥理學和獸醫(yī)病理學等學科組；預防獸醫(yī)學系設有微生物學與免疫學、傳染病學和寄生蟲學等學科組；臨床獸醫(yī)學系設有獸醫(yī)內科學、獸醫(yī)外產科學、中獸醫(yī)學等學科組。學院現有家畜生理研究室、獸醫(yī)寄生蟲病研究室、魚病魚藥研究室、畜禽營養(yǎng)與代謝病研究室、中獸醫(yī)學研究室、小動物疾病研究室、畜禽疫苗工程中心、獸藥創(chuàng)制中心、獸藥殘留檢測中心、畜禽疾病檢測中心等研究機構。學院現有動物醫(yī)院、動物實驗中心等附屬教學科研基地。主辦有創(chuàng)刊于1935年的學術期刊《畜牧與獸醫(yī)》。

學院現有教職員工120人，其中正高職稱41人，副高職稱32人（含副教授22人、副研究員1人、高級獸醫(yī)師3人、副編審2人），中級職稱24人。專職教師中90%以上具有博士學位，其中博士生指導教師35名，碩士生指導教師27名。教師中入選各類國家和部省級人才50余人次；擁有3個農業(yè)部科研創(chuàng)新團隊。

動物醫(yī)學院承擔了國家“973”計劃、國家重點研發(fā)專項、國家轉基因重大專項、公益性行業(yè)科技專項、國家自然科學基金等國家及部省級科研項目?！笆濉币詠淼哪甓妊邪l(fā)經費超5000萬元，年均SCI收錄刊物發(fā)表150篇左右。豬圓環(huán)病毒滅活疫苗、豬藍耳病弱毒疫苗分別獲國家二、三類新獸藥證書并成功實施轉化，轉讓經費超5000萬元。 “豬鏈球菌病研究及防控技術”獲2007年度國家科技進步二等獎。

人才培養(yǎng)方面， 90多年來，學院為國家培養(yǎng)了5000多名本科生和研究生，其中有許多已成為國內外著名的科學家、實業(yè)家和行業(yè)管理者。目前動物醫(yī)學院有本科生875人；在讀全日制博士生154人（含留學研究生33人）、全日制碩士生446人（含留學生3人）；非全日制獸醫(yī)專業(yè)學位博士生52人、碩士生100人。為了獎勵德、智、體全面發(fā)展的優(yōu)秀本科生、研究生，除國家和校級各項獎學金外，學院設立了“羅清生獎學金”、 “勃林格殷格翰獎學金”、“上海海利獎學金”、“恒豐強獎學金”、 “浙江諾倍威獎學金”、“輝瑞普強獎學金”、 “南農高科獎學金”、“仕必得獎學金”、“禾豐獎學金”、“上海農場獎學金”、“臺灣信元獎學金”、 “武漢回盛獎學金”等近二十項獎學金。

學院國際學術交流與國際化辦學日趨活躍，近5年來，我院教師先后有近100人次到國外進修、攻讀博士學位、考察、合作科研。與美國、日本、加拿大、丹麥、澳大利亞、英國、西班牙等國的有關學校、研究機構建立了合作關系，與德國漢諾威獸醫(yī)學院建立了校際關系。從2013年開始與加州大學戴維斯分校獸醫(yī)學院在中國南京聯(lián)合開辦了國際高端獸醫(yī)繼續(xù)教育課程。此外，學院每年吸納大量留學生前來學習深造，先后舉辦了近20期國際獸醫(yī)針灸與中藥培訓班。

展望未來，動物醫(yī)學院全體師生員工將以飽滿的熱情，求是創(chuàng)新，朝著世界一流研究型學院目標邁進！