理學(xué)院源于安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)的基礎(chǔ)部，1994年基礎(chǔ)部更名為文理學(xué)院，2002年更名為基礎(chǔ)科學(xué)學(xué)院，2004年院系調(diào)整后成立理學(xué)院。學(xué)院下設(shè)應(yīng)用數(shù)學(xué)系、應(yīng)用化學(xué)系、應(yīng)用物理系、統(tǒng)計系、空間信息科學(xué)系等5個系；擁有化學(xué)、物理、數(shù)學(xué)與統(tǒng)計、測量等4個實驗教學(xué)分中心；現(xiàn)有數(shù)據(jù)科學(xué)與大數(shù)據(jù)技術(shù)、信息與計算科學(xué)、應(yīng)用化學(xué)、應(yīng)用統(tǒng)計學(xué)、測繪工程5個本科專業(yè)以及化學(xué)和生物數(shù)學(xué)2個碩士學(xué)位授權(quán)點。

學(xué)院堅持科研強院，扎實推進科研工作，注重拓寬科研領(lǐng)域與渠道，加強對外聯(lián)系，先后與國家農(nóng)業(yè)信息化工程技術(shù)研究中心、國家林草局森林病蟲害防治總站、中科院合肥物質(zhì)科學(xué)研究院、安徽省自然資源廳、安徽省地質(zhì)調(diào)查院、中國科技大學(xué)、合肥工業(yè)大學(xué)、安徽大學(xué)、蘇州大學(xué)等單位建立了長期的科研合作關(guān)系。

學(xué)院堅持育人興院，不斷推進雙創(chuàng)型人才培養(yǎng)。近年來，學(xué)院組織學(xué)生參加各類競賽，在全國、省大學(xué)生數(shù)學(xué)競賽、物理、化學(xué)實驗競賽、中國大學(xué)生計算機設(shè)計大賽、物聯(lián)網(wǎng)大賽、課外學(xué)術(shù)科技作品競賽、雙百科普大賽、挑戰(zhàn)杯等國家、省級比賽中獲得獎項200多個。

學(xué)院學(xué)生就業(yè)率位于學(xué)校前列，2017-2019年，理學(xué)院學(xué)生平均就業(yè)率為97.21%，2017年和2018年學(xué)院就業(yè)率均位列全校第一。2017年學(xué)院成立了全校唯一一所考研指導(dǎo)工作室，由學(xué)科負(fù)責(zé)人帶頭為學(xué)生進行免費的考研輔導(dǎo)，2017-2019年，學(xué)院考研錄取率近30%，2020年應(yīng)用統(tǒng)計學(xué)、應(yīng)用化學(xué)專業(yè)的考研達線率超過50%，一半以上為985和211高校。