河套學院醫(yī)學系前身為內(nèi)蒙古自治區(qū)重點中專巴彥淖爾盟衛(wèi)生學校，始建于1959年。2004年5月并入河套大學，2012年更名為河套學院醫(yī)學系。歷經(jīng)60載的歲月洗禮，遵循“為區(qū)域經(jīng)濟社會發(fā)展培養(yǎng)德智體美勞全面發(fā)展的高素質(zhì)應用型人才”的培養(yǎng)目標定位，形成了3+1人才培養(yǎng)模式，以護理學、康復治療學專業(yè)為基礎構(gòu)建對接巴彥淖爾護理康復與養(yǎng)老產(chǎn)業(yè)的醫(yī)學類專業(yè)集群，積極推進“校企合作、產(chǎn)教融合”，建構(gòu)了“實驗實訓室+模擬醫(yī)院+臨床醫(yī)院+社區(qū)”四位一體的實踐教學模式。為地區(qū)和社會培養(yǎng)了大批優(yōu)秀人才。

醫(yī)學系是全國高等醫(yī)學教育學會護理教育分會理事單位，是中華護理學會內(nèi)蒙古自治區(qū)分會理事單位，是巴彥淖爾市紅十字會應急救護培訓基地。

醫(yī)學系現(xiàn)開設的本科專業(yè)有護理學、康復治療學、助產(chǎn)學，?？茖I(yè)有護理、助產(chǎn)、康復治療技術(shù)及醫(yī)學影像技術(shù)。護理專業(yè)、助產(chǎn)專業(yè)被評為自治區(qū)級品牌專業(yè)，康復治療技術(shù)專業(yè)被評為校級品牌專業(yè)，護理學專業(yè)被評為院級一流專業(yè)、特色專業(yè)，護理技術(shù)核心課程教學團隊被評為自治區(qū)級教學團隊，其中《內(nèi)科護理學》、《護理學基礎》被評為自治區(qū)級優(yōu)質(zhì)精品課程，人體結(jié)構(gòu)學等7門課程被評為校級精品課程。目前已建成校級優(yōu)質(zhì)課6門，合格課程51門，自治區(qū)級在線課程1門，校級在線課程5門。

目前現(xiàn)有專任教師63人，其中教授4人，副教授7人，博士2人，碩士31人。在校生2277人。

醫(yī)學系現(xiàn)有1個博士工作站，承擔國家級項目2項，自治區(qū)級項目9項，市級院級項目30項；發(fā)表論文130余篇，其中SCI 2篇，中文核心期刊15篇，編寫專著、教材100余部。

醫(yī)學系實驗實訓中心是自治區(qū)級實驗教學示范中心?，F(xiàn)有教學科研儀器設備總值近2000萬元，目前有六個專業(yè)實驗實訓室。其中，生命科學館和應急救護體驗館成為全國科普教育基地, 蜱媒人畜共患傳染病實驗室獲批自治區(qū)重點實驗室。

近年來，醫(yī)學系與區(qū)內(nèi)外醫(yī)院建立了良好的協(xié)作關(guān)系，形成了“校院”合作的良好局面。目前共有校外實習教學基地72家，主要分布在北京、天津、張家口、銀川及內(nèi)蒙古自治區(qū)各盟市，形成了以實習促就業(yè)，以就業(yè)促招生，以招生求發(fā)展的良好局面。培養(yǎng)的“河套牌護士”家喻戶曉。