“食品工程”專業(yè)成立于1984年，1985年招收第一屆本科生，1986年經(jīng)云南省政府批準為省屬重點建設(shè)學科，2001年被授牌“云南省重點學科”；2005年獲得“食品科學”二級學科碩士點，2008年，招收食品科學與工程和食品質(zhì)量與安全兩個方向的本科生。2010年獲得“輕工技術(shù)與工程”專業(yè)碩士學位點。2013年與云南省人民政府食品安全委員會共建“云南省食品安全研究院”。2014年“食品質(zhì)量與安全”本科專業(yè)獲得批準并招生。2017年獲得“食品科學與工程一級學科碩士點”。2018年云南省食品安全研究院與現(xiàn)代農(nóng)業(yè)工程學院組建“農(nóng)業(yè)與食品學院”。2019年，“食品科學與工程”專業(yè)入選云南省一流專業(yè)。2020年“食品科學與工程”專業(yè)入選國家一流專業(yè)建設(shè)點，并通過工程教育專業(yè)認證，同年，在“生物與醫(yī)藥”工程領(lǐng)域招收專業(yè)學位碩士。2021年食品科學與工程學院正式成立。

學院現(xiàn)有教職工42人，其中專任教師37人，博士生導師5人，碩士生導師28人；教授10人，副教授14人，博士30人，云南省中青年學術(shù)與技術(shù)帶頭人2人，云南省青年人才12人，云南省優(yōu)秀研究生指導教師1人，中國科協(xié)青年托舉工程人才1人。建立了一支學歷層次、高教學科研強，滿足多層次人才培養(yǎng)需要的師資隊伍。

學院擁有云南省特色果蔬健康產(chǎn)品工程研究中心、云南高原特色果蔬加工公共科技服務(wù)平臺、云南省高校高原特色果蔬加工工程研究中心、昆明市食品高值化加工及安全評價重點實驗室、云南省高校食品資源生物功能因子研究開發(fā)科技創(chuàng)新團隊、食品安全分析與檢測技術(shù)學科方向團隊、食品精深加工與副產(chǎn)品高值化利用學科方向團隊，儀器設(shè)備總價值3000余萬元，滿足科研教學的需要。

近五年，學院獲云南省自然科學獎和科技進步獎等省部級獎勵5項，在高水平期刊上發(fā)表SCI論文200余篇，共承擔科研項目60余項，其中國家自然科學基金16項，總經(jīng)費超6000萬元，有效發(fā)明專利50余項，并實現(xiàn)了科研成果轉(zhuǎn)讓。獲得云南省教學成果獎1項，云南省研究生優(yōu)秀科技創(chuàng)新成果獎2項，云南省研究生優(yōu)秀實踐成果獎1項；云南省一流課程2門，云南省研究生優(yōu)質(zhì)課程1項，云南省專業(yè)學位研究生教學案例庫建設(shè)項目1項。